為加速改善各縣市高淹水風險地區，依據已完成綜合治水規劃報告所採用的流域整體治理對策，持續投入辦理直轄市、縣(市)管河川、排水治理，納入海岸防護工作，並以都會區之水系為重點投入，同時加強下水道建設，提升都市防洪能力，以及流域內其它相關農田排水、養殖漁業排水或其他排水路、上游坡地水土資源保育、國有林地治理、省道橋梁改建等工作配合改善，提高整治率。辦理治理工作同時考量環境改善，以符合民眾期待。
計畫完成後，可改善全國易淹水潛勢地區面積275平方公里，同時增加保護居住人口約100萬人，減少生命財產災害損失。計畫執行期間配合調查實際淹水災害發生情形，滾動式檢討計畫執行成效與投入地區之治水經費，並適時加以修正或調整。
計畫策略： •上、中、下游防洪、減災、禦潮工程整體改善，強化抗洪能力 •流域綜合治水，提升防洪、適洪韌性 •強化防災預警與應變能量，有效管理災害風險 辦理範圍： •縣市管河川、排水、海岸防護，逕流分擔及在地滯洪等措施 •雨水下水道、淡水河流域抽水站更新改善及維護管理 •農田排水、坡地保育、養殖排水、省道橋梁改建 計畫目標： •施設堤防護岸、排水路改善約240公里，下水道改善約115公里，農田排水圳路改善約189公里，增加保護面積275平方公里 執行策略： •補助地方政府執行 •綜合治水規劃，流域整體推動 •成立跨部會推動小組 •依評核機制專業審核 •滾動檢討 •協調溝通 縣市政府提報案件評核原則： •淹水損害度 -淹水情形嚴重亟需改善者優先投入辦理 •改善效益 -水患改善效益高，可大幅提升該水系治理率者 •保護效益 - 人口密集區、重要工業區或農業區等保全對象，或可系統整體改善者 •其他綜合考量 – 民眾支持度、復育生態棲地環境、水患改善後可產生亮點
治水計畫整體成效說明：
民國95年起「易淹水地區水患治理計畫(95~102年)」、「流域綜合治理計畫(103~108年)」、「前瞻基礎建設計畫-水環境建設-縣市管河川及區域排水整體改善計畫(106~114年)」持續透過編列特別預算辦理治水計畫協助地方政府治水，並已陸續展現成效，以110年度0806豪雨為例，該場豪雨事件累積總降雨量及一日最大降雨量均超過102年康芮颱風，但0806豪雨全國通報淹水點290處，總計淹水面積為774公頃，相較102年康芮颱風，淹水面積減少、深度降低、且退水快。
治水計畫因應氣候變遷挑戰：
全國河川及區域排水依據專業規劃報告辦理治理工程完成所需經費鉅大，且即便全部完成後，僅可提供日雨量約300~400毫米之豪雨事件的保護標準，但政府所持續辦理之治水計畫，仍具一定成效。