本階段生態檢核目標為評估計畫對生態環境衝擊程度，決定可行工程計畫方案。其相關作業原則為：
(1)蒐集計畫施作區域既有生態環境、議題等資料，並由生態背景人員現場勘查記錄生態環境現況及分析工程計畫對生態環境的影響。
(2) 依工程規模、性質，計畫內容得考量替代方案，評估比較各方案對生態、環境、安全、經濟、社會等層面之影響後，再提出對生態環境衝擊較小的可行方案。
(3) 邀集生態背景人員、相關單位、在地民眾與關心相關議題之民間團體辦理現場勘查，溝通工程計畫構想方案及可能的生態保育原則。
(4) 決定可行工程計畫方案、生態保育原則，並研擬必要之生態專案調查項目及費用。
本案於工程計畫核定階段，已廣邀各方具生態背景之專業人士針對生態環境調查作勘查並依照生態環境提出適當可行之工程計畫，在考量生態與工程施工皆可滿足條件下，採行目前本案所工程設計之方案
(一)陸域及水域調查：民國107 年9 月21 日~ 107 年9 月22 日。
(二)植栽(樹木)調查：民國107 年8 月28 日~ 107 年9 月03 日。