為有效加強工程設施對生態環境友善度，卓蘭鎮公所與本府水環境顧問團隊以及相關單位，針對本案與關注之環團召開數次討論與現勘，卓蘭鎮公所立即召開設計研擬生態補償措施可行方案，以符合中央及上級機關落實執行時生態檢核採取迴避、縮小、減輕、補償等改善措施，積極與地方及相關團體溝通說明，並提出相關改善方案，以降低工程之爭議性。
渠道為混凝土牆體，長約340公尺，兩岸以緩坡設計堆疊土包袋，規劃每50公尺增設一組通行廊道並局部加蓋，有利於動物通行與攀爬，土包袋亦有利植物生長。