本計畫工程完工後，將可掌握潮汐變化各河段污染物變化情形，及愛河截流最適化操作方案，並改善水質、水色和藻華問題，讓愛河水質達親水及水上活動期望。
計畫內容包含:
(1) 基本資料蒐集與環境現況調查。
(2) 各集污分區之污染量推估。
(3) 水質水量及藻類檢測分析。
(4) 建立愛河水理及水質模式。
(5) 彙整相關整治方案，並評估預測既有相關整治計畫水質改善成效，研訂各階段水質改善目標及修正建議。
(6) 既有設施針對藻華問題辦理功能提升設計。